Was macht Transform?
Ich finde daß Excel ausgezeichnet dafür geeignet ist
Sequenzen und Alignments schön darzustellen - allerdings
muß jedes Zeichen in einer eigenen Zelle sein.
Daher
schrieb ich ein kleines Hilfsprogramm in REALbasic daß oft
benötigte Text- und Sequenztransformationen durchführt::
- Tab vor / hinter jedem Zeichen einfügen
- Zeilenumbruch nach jedem Zeichen einfügen
- nur die Buchstaben a-Z behalten
- In Blöcken formattieren: 3, 10, 50, 100
- Leerzeichen entfernen (am Zeilenanfang / am Zeilenende / mehrfache)
- DNA Sequenz umdrehen / complementieren / invertieren
- DNA Sequenz übersetzen (Leseraster 1 / 2 / 3)
- Protein in die menschliche / E. coli DNA zurückübersetzen (mit den am häufigsten benutzten Codons)
- 3-Buchstaben Aminosäure-Code in 1-Buchstaben-Code übersetzen
- 1-Buchstaben Aminosäure-Code in 3-Buchstaben-Code übersetzen (mit Leerzeichen oder Tabs)
- Proteinsequenz-Informationen berechnen
Falls Sie weitere Transformationen wünschen lassen Sie es mich bitte wissen.
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Wenn Sie Transform nützlich finden würde ich mich über eine Spende via PayPal freuen
Herunterladen:
Eine MacOS X Version gibt es hier
eine MacOS 8.5 oder 9 Version hier
eine Win98/Me/2000/XP Version hier
und eine Linux Version hier
Version history
0.11
- added HTML menu
- added “turn selected text into ordered list”
- added “turn selected text into unordered list”
- Format sequence as FASTA (keep only A-Z, add > as first line)
- backtranslate into degenerate DNA sequence
- added info windows for IUPAC, Amino Acids, Genetic code, Polymerases